Η Ομοσπονδία διοικείται από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο που εκλέγεται στο Συνέδριο και αποτελείται από τους:
Πρόεδρο, Αντιπρόεδρο, Γενικό Γραμματέα, Αναπληρωτή Γραμματέα, Ταμία, Υπεύθυνο Πολιτιστικού και Δημοσίων Σχέσεων και Υπεύθυνο Νεολαίας.
Η θητεία του Δ. Σ. διαρκεί δύο (2) χρόνια.
Το Συνέδριο των αντιπροσώπων της Ομοσπονδίας είναι το ανώτατο Όργανο, συγκαλείται κάθε δύο (2) χρόνια. Το Συνέδριο αποφασίζει για όλα τα θέματα που αφορούν την Ομοσπονδία. Αυτό καθορίζει το πλαίσιο δράσης και λειτουργίας του Δ.Σ. και των άλλων οργάνων. Αποφασίζει επίσης επί των προτάσεων των συνέδρων και των Συλλόγων μελών.
Το Συνέδριο εκλέγει και την Εξελεγκτική Επιτροπή. Η Εξελεγκτική Επιτροπή είναι τριμελής, ελέγχει τα οικονομικά της Ομοσπονδίας δύο (2) φορές τον χρόνο και συντάσσει την έκθεσή της, την οποία παρουσιάζει στο Συνέδριο.
Στους κόλπους της Ομοσπονδίας λειτουργεί τμήμα νεολαίας το οποίο απαρτίζουν τα τμήματα νεολαίας των Συλλόγων Μελών. Η Νεολαία της ΟΣΕΠΕ αποτελεί αναπόσπαστο τμήμα της Ομοσπονδίας.
Το τμήμα νεολαίας της Ομοσπονδίας συντονίζεται από την Συντονιστική ΕπιτροπήΝεολαίας (ΣΕ Νεολαίας), η οποία εκλέγεται από τη Γενική Συνέλευση της Νεολαίας κάθε δύο (2) χρόνια.